再構築後、携帯からアクセスすると500 Internal Server Errorが表示された。

出力されたPHPファイルのパーミッションをご確認ください。
サーバー会社によっては777などのPHPを実行しないように制限を掛けてある場合があります。
サーバー会社の規定をご確認頂き、mt-config.cgiにHTMLUmaskを設定してください。